Introducción: Trypanosoma cruzi, agente causal de la enfermedad de Chagas, afecta a casi el 3% de la población colombiana. En este trabajo se evaluó la seroprevalencia para T. cruzi en poblaciones de alta, mediana y baja endemicidad con el fin de identificar los genotipos de T. cruzi circulantes, sus vectores asociados y los principales factores de riesgo. Materiales y Metodología: Se hizo una busqueda exhaustiva de insectos, reservorios y parásitos en cada una de las regiones de estudio, y se identificaron los principales factores de riesgo, las fuentes alimenticias y los genotipos del parásito circulantes en estas zonas. El parásito fue detectado en insectos por PCR de la región satélite y el ADN mitocondrial,  y genotipificado como TcI o TcII, TcV y TcVI por medio de la PCR del espaciador intergénico del mini-exon y por Southern blot. Resultados: Los análisis moleculares indicaron que Rhodnius prolixusy Triatoma dimidiata son los principales vectores involucrados en la transmisión de parásito en zonas de alta endemicidad, mientras que Triatoma maculata, R. pallescens y E. cuspidatus adquieren mayor importancia epidemiológica en zonas de baja endemicidad. Conclusion: Los resultados sugieren escenarios epidemiológicos diferentes en Colombia, con vectores primarios y secundarios como protagonistas de la transmisión del parásito en cada una de las zonas de estudio. El grupo T. cruzi DTU I es el que predomina en el país.